gostaria de saber como eu faço para criar animaçoes e depoi coloca las sobre um video qualquer,como no caso desse video www.youtube.com/watch?v=aqXwL6XI3yo

isso aqui é mais elaborado do que o seu video de referência, mas profissionalmente é assim:
www.blendernation.com/2009/09/23/videotu...-blender-and-voodoo/
vimeo.com/10403063

eu vou precisar daquele voodoo para fazer minhas animaçoes

Vai precisar de uma programa que calcule tracking de Camera. Ele "vê" as semelhança entre os quadros e caucula o movimento da câmera, também o posisionamento de pontos-chave. Dos dois citados, Voodoo e Sintheyes, só usei Voodoo proque é free. O problema é que no vídeo na pode se mexer além da câmera, já que os pontinhos que ele exporta pro blender são estáticos.

bin, se você for fazer uma cena sem movimento de câmera não precisa do voodoo.
se a cam for estática tudo que vai precisar é renderizar o efeito especial em canal alpha e juntar com o video.